一般的な抗インフルエンザ薬は、細胞内部で複製されたウイルスが遊離する際に必要なノイラミニダーゼという酵素の働きを阻害することで、ウイルスの増殖を抑える。これに対し、ファビピラビルはRNAポリメラーゼ阻害薬と呼ばれ、ウイルスの遺伝子の複製そのものを阻止する。つまり、ファビピラビルは血中のウイルス量が比較的少ない感染初期の段階で投与して、症状の悪化を防ぐことができるのだ。
ファビピラビルは、RNAウイルスであればインフルエンザウイルス以外のウイルスに対しても同じ効果を発揮するという研究結果が得られている。