ダーウィンはEmma Wedgewoodと夫婦になることについて、利点と欠点をそれぞれまとめて、天秤にかけた。このリストの『結婚しない』という項目には、「親戚を訪ねる必要がなく、つまらないことに煩わされない」と書かれている。さらに、「不安と責任。多くの子供がいて、1人1人にパンを与えれば、本を買う金も減る」などと続く。

しかし、愛の恩恵と孤独への恐怖がダーウィンを迷わせた。「ロンドンの薄汚れた家での孤独な生涯を想像したら」と、「[結婚しない]欠点」の項目には書かれている。「優しい妻がソファに座り、立派な暖炉や本、音楽がある。そこにいる自分を思い浮かべてみよう」

「[永遠の伴侶、年をとってからの友人……]いずれにせよ、犬よりはまし」とダーウィンは書いている。

ダーウィンは1839年1月にEmmaと結婚した。さまざまな記録によると、愛情あふれる夫婦だったようだ。2人は7人の子供を育て上げ、ダーウィンの進化論とキリスト教徒であるEmmaの信仰の妥協点を見つけた。

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