店舗から見ると、ユーザーが現金で1万円の購入をすると1万円まるまる手に入るのですが、非接触カードやクレジットカード決済の場合、売上の3.24%が手数料として引かれるので取り分が減ります。マージンが低い小売店などにおいては積極的に現金以外の支払いをユーザーに勧める理由はないとも言えるでしょう。
ユーザー側から見ても普及が進まない理由があります。それは銀行口座から電子マネーにお金を移動させる際にかかる送金手数料です。この手数料が日本は非常に高いと言わざるを得ません。
銀行によっては、「残高に応じて月間数回ぶんだけ送金手数料を無料にする」というキャンペーンがよく展開されていますが、自分の銀行口座から自分の電子マネー口座にお金を移すために、あるいは逆に電子マネーから銀行口座にお金を移すために毎回数百円かかるようでは、ユーザーとしては積極的に電子マネーで支払いをしようとは思わないのではないでしょうか?