1991年8月に、ゴルバチョフ氏の改革に危機感を抱いたKGBなど共産党保守派がクーデターを起こします。これがソビエト崩壊につながりました。
このクーデターでは、プーチン氏はKGBの職員だったにもかかわらず、サプチャク氏に付き添って反KGBの立場を取りました。そして、クーデターのさなかに、辞表をだし、長年勤めてきたKGBを辞めてしまいました。
サンクトペテルブルクの市長に就任したサプチャク氏に信頼され、第1副市長・国際経済担当に任命されます。
その後、サプチャク氏が選挙で落選し、一時、無職になりますが、サンクトペテルブルク市政から大統領府に移っていたかつての同僚の助けで大統領府の要職に就きます。
大統領府の副長官やFSB=連邦保安庁の長官を歴任し、1999年には当時のエリツィン大統領によって首相に抜てきされます。そして、エリツィン大統領から後継者に指名され、2000年の大統領選挙で初当選しました。