After Effectsは、タイムラインを活用して制作するモーショングラフィックスや、タイトルアニメーションにとって、とても使い勝手がいいソフトウェアです。ただしレイヤーベースのため、チーム内で分割して作業する、セットアップの使い回し、または応用という点においては、Nukeが強いのかもしれません。
BlackmagicのFusionに関しては、TVドラマ等で使っているスタジオがあるとお聞きしたことはありますが、私の知る限りでは映画のVFXにおいてはNukeやFlameのシェアが多く、Fusionはあまり多くない印象を受けます。