暴徒がバスティーユ牢獄を襲撃した翌日、ラファイエットは新たに結成されたパリの国民衛兵の司令官に選出された。彼の軍隊は10月6日にヴェルサイユに侵入した群衆の怒りからルイ16世とマリー・アントワネット王妃を救い、その後、彼は王室一家をパリに護衛したが、そこで彼らは革命の人質となった。
翌年、ラファイエットの人気と影響力は最高潮に達した。彼は貴族からブルジョワジーへの権力移譲を支持したが、民主化が進むと下層階級が財産権を攻撃するようになることを恐れた。1791年7月17日、パリのシャン・ド・マルス公園に国王退位を求める請願者の群れが集まったとき、ラファイエットの衛兵が発砲し、約50人のデモ参加者が死傷した。この事件で彼の人気は大きく損なわれ、10月に彼は衛兵を辞任した。
ロベスピエールやジャコバン派のような狂人が権力を握り、大量虐殺を始めたとき、ラファイエットは彼らを力ずくで鎮圧する志願者を募った。わずか数人の支持者しか名乗り出なかったため、ラファイエットはオランダに逃亡し、そこから米国に脱出しようとした。
しかし、彼はフランス王政を打倒した役割を負わされたため、途中でプロイセン軍に逮捕された。
プロイセンのフリードリヒ・ヴィルヘルム2世はかつてラファイエットを[貴族の仲間として]受け入れたことがあったが、それはフランス革命前のことだった。国王は今やラファイエットを反乱の危険な扇動者とみなし、他の君主制を打倒するのを防ぐために監禁[投獄]すべきだと考えていた。