遺伝子組み換え作物はほぼすべてが交配種（ハイブリッド）であるため、種子を毎年購入しなければならないという問題もある。
交配種とは、異なる品種を掛け合わせたものを指す。1代目（F1）は親より丈夫で収穫量も増えるという性質をもつ。だが、2代目（F2）は祖父母の品種の劣性形質を発現するものもあるため、どう育つか予測がつかない。
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