“シャチハタ”でできないのは、実印として自治体に届け出る印鑑登録だという。これは、スタンプ印の印面がゴムでできているため。金属や木材を加工して作る印鑑と違い、ゴムの印面は押し方によって、印影が太くなったりしてしまう可能性があり、登録した印影と異なる形になってしまう場合があるためだ。シヤチハタでは発売当初から「印鑑証明には使用しないでください。」とうたっているほか、各自治体も「ゴム、プラスチックのような変形・摩滅しやすい材質でないもの」と印鑑登録時に但し書きをつけている。また、銀行に印鑑を届け出る銀行印についても、同様の理由からシヤチハタ印を名指しで不可としている銀行もある。