E-6Bには、目を見張るような機能がいくつか搭載されている。最も重要な機能のひとつは、超長波(VLF)通信プラットフォームだ。これは海面下最大60フィート(約18m)を潜航する核弾道ミサイル潜水艦との通信に使用される。
ステルス潜水艦はその位置を隠す必要があり、多くの場合は通信のために浅い水深まで上昇したり、ブイを浅い位置に送ったりすることはできない。代わりに通信中継機と潜水艦の両方に巨大アンテナを装備する必要がある。それでも超長波システムは非常に低遅延、低帯域幅、低スループットであることから、わずかな量のデータの送信にも長い時間が必要になる。
深海潜水艦に最短メッセージを送信するにも、E-6Bは特別な飛行操縦を実行することになる。具体的には、長時間にわたって急旋回を続ける。ぐるぐると旋回飛行することでアンテナを垂直に垂らした状態に保ち、まっすぐ水中に向かって通信するのだ。